Darwins Schrift Über die Entstehung der Arten (1859) löste eine neue Debatte aus, die sich zeitlich und inhaltlich unmittelbar an den Materialismus- Streit anschloß. Umstritten war einerseits die wissenschaftliche Akzeptanz der Evolutionstheorie, andererseits die vor allem von Ernst Haeckel vertretene Verabsolutierung der Darwinschen Theorie zum Schlüssel für die Lösung aller ungelösten wissenschaftlichen und philosophischen Rätsel. Während so die Evolutionstheorie gleichsam zur neuen Religion erhoben wurde, zog sich die Theologie - und teilweise auch die Philosophie - aus der Deutung der empirischen Welt zurück.
Auch dieser Streit wurde nicht entschieden und hält bis heute an.

Die heute vorherrschende Meinung, nur die Naturwissenschaften seien in der Lage, uns das richtige Weltbild zu geben, bedarf der Korrektur. Die Beiträge dieser Bände zeigen, daß der Diskurs, in dessen Verlauf den Naturwissenschaften im 19. Jahrhundert diese Rolle zugesprochen wurde, sich nicht auf Erkenntnisse stützen kann - sondern auf Fehleinschätzungen darüber beruht, was Naturwissenschaft leistet.