Die Traun bildete ab dem Spätmittelalter das Rückgrat für die wirtschaftliche Entwicklung des Salzkammerguts. Auf ihr transportierten die Schiffer das Salz zu den Absatzmärkten, auf ihren Zubringern gelangte das getriftete Holz zu den Sudhäusern. Im Salzkammergut waren die Bedingungen für die Produktion und den Handel von Salz nicht einfach, da die Holzvorräte stark limitiert und der Transport auf der Traun alles andere als einfach waren. Doch mit Handelsbarrieren und der Förderung der eigenen Salzproduktion gelang es den Habsburgern, die mächtige Konkurrenz im Zaum zu halten.
Der Wasserbau spielte stets eine übergeordnete Rolle, da er den Transportweg für einen florierenden Salzhandel bereitete. Bereits im 15. Jahrhundert wurde der Traunfall für die Schifffahrt bezwungen, indem ein befahrbarer Kanal angelegt wurde. Schon zuvor war es gelungen, den "Wilden Laufen" - eine Kataraktstrecke in Goisern - zu entschärfen. Damit die Transporte auch in Niederwasserperioden durchgeführt werden konnten, errichtete man am Traunsee und am Hallstätter See Klausen, die bei Bedarf zusätzliches Wasser abgeben konnten. Dennoch war vor allem die Untere Traun nur schwer befahrbar, da der stark aufgefächerte Flusslauf viele Untiefen aufwies und nach jedem Hochwasser seine Gestalt änderte. Anders als an vergleichbaren Flüssen versuchte man hier schon viel früher, mit Flechtzäunen und Faschinen das Gerinne einzuengen. Lange Zeit allerdings nur mit beschränkten Erfolg, wie sich anhand der Regulierungsgeschichte zeigen lässt. Erst ab der Wende zum 20. Jahrhundert gelang es durch massive und durchgängige Verbauungen, den Fluss seiner Dynamik zu berauben. Jedoch mit dem Effekt, dass er sich innerhalb weniger Jahre im Welser Raum massiv eintiefte.
Die Regulierungsmaßnahmen und vor allem die Kraftwerkserrichtungen haben die Flusslandschaft stark verändert. Dieser Umstand spiegelt sich u.a. auch in der Zusammensetzung der Flora und Fauna wider, sind doch viele Charakterarten der Wildflusslandschaft verschwunden.
Seit einiger Zeit beschäftigen sich mehrere Wasserbauprojekte mit der Aufwertung der Traun, um die Vorgaben der EU-Wasserrahmenrichtlinie umzusetzen. Ziel ist es, sowohl die gewässerökologische Situation zu verbessern, als auch den notwendigen Hochwasserschutz für die angrenzenden Siedlungen sicherzustellen.