Juan Goytisolo wurde am 5. Januar 1931 in Barcelona geboren. Er besuchte eine Jesuitenschule, begann danach ein Jurastudium und schrieb einen ersten – nie veröffentlichten – Roman.

1953 brach er das Studium ab und unternahm mehrere Reisen nach Paris. 1954 veröffentlichte er den Roman Juegos de manos, auf den zahlreiche weitere Romane folgten, die in viele Sprachen übersetzt wurden und den Autor zu einem der wichtigsten spanischen Autoren der Gegenwart machten. 1957 zog er nach Paris und nahm eine Lektoratstätigkeit bei Gallimard auf, wo er sich für die Verbreitung der spanischen Literatur in Frankreich einsetzte. Seine Bücher waren von 1963 bis zum Tod Francos in Spanien verboten. Von 1961 bis 1964 unternahm er mehrere Reisen nach Kuba, Nordafrika und in den Nahen Osten. 1964 gab er die Verlagstätigkeit auf, um sich ganz dem Schreiben zu widmen. Seit 1969 übernahm er Gastprofessuren u.a. an den Universitäten La Jolla/Kalifornien, Boston und New York.

Juan Goytisolo hat sich mit Romanen wie La reivindicación del conde don Julián (1970, dt. Die Rückforderung des Conde Don Julián, 1976) und El sitio de los sitios (1995, dt. Das Manuskript von Sarajewo, 1999) nicht nur als Literat einen Namen gemacht, sondern als kritischer, engagierter Geist auch vielfach zu politischen Themen in Form von Essays und Reportagen Stellung bezogen und sich dabei vor allem mit dem Islam auseinandergesetzt. In den neunziger Jahren besuchte er das vom Konflikt zwischen Islam und westlicher Welt gespaltene Algerien; während dieser Reisen entstand Ein algerisches Tagebuch. 1993 hielt er sich als Kriegsbeobachter in Sarajewo auf, wo er die Artikel Notizen aus Sarajewo verfasste, die zuerst in der Frankfurter Rundschau publiziert wurden und später in der edition suhrkamp erschienen. 1996 bereiste er Tschetschenien und hielt seine Eindrücke und die Hintergründe des Konflikts in dem Band Landschaften eines Krieges: Tschetschenien fest. Zum Thema Islam veröffentlichte er auch die Bücher Kibla – Reisen in die Welt des Islams (2000) und Gläserne Grenzen (2004).

Sowohl sein literarisches als auch sein journalistisches Werk wurde mit vielen internationalen Preisen ausgezeichnet, u.a. mit dem Nelly-Sachs-Preis 1993 und mit dem mexikanischen Octavio-Paz-Preis 2002. Für sein Gesamtwerk wurde er bereits 1985 mit dem Prix Europalia der Europäischen Gemeinschaft geehrt. 2014 wurde Goytisolo schließlich mit dem Cervantes-Preis ausgezeichnet – dem bedeutendsten literarischen Preis der spanischsprachigen Welt.

Juan Goytisolo starb am 4. Juni 2017 in Marrakesch.