Borchmeyer untersucht in dieser groß angelegten Studie literarische Werke von Kolumbus' erstem Bordbuch (1492) bis hin zum Werk des Chronisten Guama Poma (bis ca. 1616) und zeigt ihren Rang als literarische Zeugnisse, aber auch ihre Bedeutung für das europäische Denken: Aus philosophischen,
kosmographischen aber auch theologischen Gründen hätte Amerika gar nicht existieren dürfen. Eine
sprachgeschichtliche Analyse verdeutlicht den Kampf um ein neues Selbstverständnis. Borchmeyer skizziert hierzu eine Poetik der "inventio". Mehr als eine historische und ethnologische Untersuchung stellt Die Ordnung des Unbekannten eine philologische Reflexion über die Bedeutung der Chroniken, Briefe, Erzählungen und Epen des hispanoamerikanischen Cinquecento dar, die sich nicht auf die
traditionellen oder heute gültigen Textkategorien und Wissenschaftsdisziplinen reduzieren lassen.