Der politische Streit zwischen dem jungen Tenno Goshirakawa und dem ehemaligen Tenno Sutoku fand im Krieg von Hogen seinen militärischen Höhepunkt. In diesem Krieg waren die Brüder der Tennofamilie, die Adeligen und die Samuraifamilien in zwei Lager gespalten. Selbst Verwandte mussten gegeneinander antreten. Yoshitomo vernichtete seinen eigenen Vater und seine Brüder, weil er den Tenno unterstützte und sie dagegen für Sutoku kämpften - eine bis dahin nicht dagewesene Tragödie. Kiyomori und Yoshitomo gingen aus dem Krieg von Hogen als Sieger hervor. Allerdings wurde Kiyomori mit einem weit größeren Verdienst bedacht und politisch befördert. Das Stammesoberhaupt von Minamoto, Yoshitomo, fühlte sich seinem Erzrivalen Taira gegenüber zurückversetzt. Weil Yoshitomo keine andere Überlebenschance für seinen Stamm sah, beteiligte er sich an einem waghalsigen Aufstand gegen den Tenno, der von einigen schwachköpfigen Adeligen um Nobuyori Fujiwara angezettelt wurde. So brach nur wenige Jahre späterder Krieg von Heiji aus. In diesem Krieg prallten die beiden Samuraistämme Taira und Minamoto frontal aufeinander. Yoshitomo hatte sich politisch völlig verschätzt und verlor den Krieg. Nach dem Sieg verfestigte Kiyomori Taira seine Macht und zwang Minamoto zum völligen Niedergang. Während Yoshitomo starb, wurden sein noch junger Sohn Yoritomo und weitere drei kleine Söhne von Taira gefangen genommen. Kiyomori unterschätzte jedoch die Gefahr für die nächste Generation von Taira, die in diesen Söhnen steckte, und begnadigte sie zur Verbannung, anstatt zum Tode zu verurteilen.