In diesem Streit - ausgelöst durch Emil Du Bois-Reymonds Vortrag 'Über die Grenzen des Naturerkennens '(1872) - ging es nicht mehr um die Abgrenzung der Erklärungskompetenzen von Religion, Philosophie und Naturwissenschaft, sondern um die Frage, ob der so erfolgreichen Naturwissenschaft ebenfalls Erkenntnisgrenzen gesetzt seien: an den Problemen der Erkennbarkeit des Wesens der Materie und der Rückführbarkeit der subjektiven Qualitäten menschlichen Empfindens und Denkens auf materielle Zustände. Die Behauptung, es gebe Bereiche, die der Wissenschaft nicht nur mit den damaligen Mitteln, sondern prinzipiell verschlossen blieben, schien ihren universalen Erklärungsanspruch zu unterminieren. Diese Debatte hat auch heute nichts an Brisanz verloren, auch wenn sie zumeist nicht mehr im direkten Rückgriff auf die damalige ausgetragen wird.